Seirei Gensouki (Spirit Chronicles) anlatısı, 20 yaşındaki üniversite öğrencisi Haruto Amakawa'nın bir trafik kazasında ölmesi ve ardından Rio adında genç bir çocuğun bedeninde yabancı bir dünyada uyanmasıyla başlar. Haruto'nun anıları ve kişilikleri kaynaştıkça, Rio artık kendisinin de sihirli güçlere sahip olduğunu fark eder. Kısa bir süre sonra Rio, Bertram Krallığı'nın kaçırılan prensesiyle karşılaşır ve onu tereddüt etmeden kurtarır.