Samuray Jack'in hikayesi, bir Japon prensi olan Jack'in, uzun yıllar önce uzaydan düşmüş saf kötülük Aku'nun saldırısı sonucu şehirden kaçmasıyla başlar 14. Ailesi, Jack'in Aku ile savaşabilmesi için onu dünyanın farklı yerlerine gönderir 14.

Yıllar sonra Jack, Aku'yu yok etmek ve kendi zamanına geri dönmek için hazırdır 13. Aku'nun mabedinde onlarla yüzleşir ve her kılıç darbesinde Aku, Jack'in ne kadar cesur ve iyi, kendisinin ise ne kadar alçak ve saf olduğunu görür 13. Ancak Aku, Jack'i büyü ile 1000 yıl ileriye, geleceğe gönderir 13.

Jack, gelecekte binlerce düşmanın içinde ve her zaman Aku tarafından gözlenerek bir çıkış kapısı arar 13. Tüm zorluklara rağmen, bir gün bu karanlık ruhu yeneceğine inanır 13.

2017 yılında yayınlanan beşinci ve son sezonda, Jack 50 yıl yaşlanmış olarak görülür 5. Yeni karakterler ve hikayeye katılan unsurlarla, Jack'in yolculuğu ve ruhsal arayışı devam eder 5.