Samuray Jack'in hikayesi, bir Japon prensi olan Jack'in, uzun yıllar önce uzaydan düşmüş saf kötülük Aku'nun saldırısı sonucu şehirden kaçmasıyla başlar. Yıllar sonra Jack, Aku'yu yok etmek ve kendi zamanına geri dönmek için hazırdır. Jack, gelecekte binlerce düşmanın içinde ve her zaman Aku tarafından gözlenerek bir çıkış kapısı arar. 2017 yılında yayınlanan beşinci ve son sezonda, Jack 50 yıl yaşlanmış olarak görülür.