"Rurouni Kenshin: Kyoto Inferno", Kenshin Himura'nın eski bir suikastçı olarak yeni bir hayata yerleştikten sonra karşılaştığı yeni bir tehdidi anlatıyor. Hikaye, Kenshin'in, Meiji hükümetinden gelen bir talep üzerine, Kyoto'da Shishio Makoto adlı bir isyancı ile mücadele etmesini konu alıyor. Kenshin, arkadaşları Kaoru ve Sanosuke'nin de yardımıyla, Juppongatana adlı bir grup ölümcül isyancı ile yüzleşerek Makoto'yu durdurmaya çalışıyor.