"Rurouni Kenshin: The Final", Himura Kenshin'in hikayesini devam ettirir. Filmin ana olayları: Enishi, Kenshin'e karşı bir grup savaşçı toplar. Kenshin, geçmiş günahlarının hesabını vermek için Enishi ile yüzleşir. Enishi, Kenshin'in sevdiklerine zarar vermeye çalışır, ancak Kenshin'in yalvarışları ve Tomoe'nin günlüğünün Enishi'ye ulaşmasıyla, Enishi intikamından vazgeçer. Kenshin, Enishi'yi polise teslim eder. Kenshin ve Kaoru, hayatlarını birlikte sürdürmeye karar verir. Film, Kenshin'in gelecekte nasıl bir yaşam süreceğini ve geçmişiyle nasıl yüzleşeceğini ele alır.