Pokémon: Dedektif Pikachu, Ryme Şehri'ne yeni dönen ve kayıp babasını arayan genç bir öğrenci olan Tim Goodman'ın hikayesini anlatır. Film, Pokémon evreninde geçer. Birlikte, Harry'nin araştırdığı laboratuvara giderler ve burada, Harry'nin sözde ölümünü ve hayatta kalma ihtimalini öğrenirler. Film, Tim'in, babasının aslında Mewtwo tarafından değil, başka bir Pokémon olan Amphinobi tarafından saldırıya uğradığını kanıtlaması ve Pikachu'nun hafızasını geri kazanmasıyla sona erer.