Ölümcül Deney 3: İnsanlığın Sonu, Raccoon City felaketinin 5 yıl sonrasını konu alır. Filmde anlatılan olaylar şu şekildedir: Nevada çölünde saklanan Alice, her insanı ölümsüz kılma tehdidi taşıyan T virüsünü yok etmek ve adaleti aramak için Carlos Olivera, L.J., Claire, K-Mart ve Hemşire Betty ile iş birliği yapar. Umbrella Corporation tarafından tutsak alınan Alice, genetik deneylere maruz kalmış ve insanüstü güçler, duyular ve yetenekler kazanmıştır. Hayatta kalmak için bu yeteneklerden daha fazlasına ihtiyaç duyulacaktır.