Ninja Kamui, intikam temalı bir bilim kurgu animesidir. Konusu: Geçmişinden kaçmak için ailesiyle birlikte Amerika’nın kırsal kesiminde saklanan eski bir ninja olan Joe Logan’ın (Higan) hikayesi anlatılır. Higan’ın klanı, gidişinin intikamını almak için saldırdığında ailesini katlederler. Higan, saldırıdan sağ kurtulur ve sevdiklerini elinden alanlardan intikam almaya ant içer. Bilenmiş ninja becerilerini kullanarak, kendisini avlayan sibernetik olarak geliştirilmiş suikastçılarla yüzleşmek zorunda kalır. Animede kan, vahşet, kafa kesme ve ciddi yaralanmaların ayrıntılı tasvirleri gibi kapsamlı şiddet olayları yer almaktadır.