Neo, Matrix'te birkaç kez "ölmesine" rağmen hayatta kalabilmektedir: Ajan Smith ile mücadele: Neo, Smith'i yok etmek için kendi bedenine kopyalanmasına izin verir ve bu süreçte kendisi de ölür gibi görünür. Filmin sonunda: Neo, Ajan Smith'i yok ettikten sonra gerçek dünyada gücü tükenir ve makineler tarafından bir şehir içine götürülür. Bazı teorilere göre, Neo'nun benliği fiziksel bedeninden bağımsız olarak hayatta kalabilir. Neo'nun hayatta kalma yöntemleri, Matrix serisinin sonraki filmlerinde de farklı şekillerde işlenebilir. Örneğin, Matrix 4'te Neo'nun dijital bir varlık olarak geri dönmesi mümkündür.