"Naruto Shippuuden" dizisinin en iyi sezonu konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı hayranlar ve kaynaklar tarafından öne çıkan sezonlar şunlardır: 1. 6. Sezon: Bu sezon, Pain'in Konoha'ya saldırısı ve Naruto'nun Sage Modu'na geçişi gibi önemli olaylarla dolu olduğu için beğenilmektedir. 2. 4. Sezon: Akatsuki'nin avı ve Sasuke'nin hikayesi bu sezonda yoğun bir şekilde işlendiği için hayranlar tarafından sevilmektedir. 3. 8. Sezon: Dördüncü Büyük Ninja Savaşı arkı, serinin seviyesini bir üst noktaya taşıyarak birçok epik savaş ve duygusal an sunmaktadır.