Naruto Shippuuden'in ilk sezonu, Naruto Uzumaki'nin iki buçuk yıllık eğitiminin ardından köyüne dönmesiyle başlar. Sezonda anlatılan ana olaylar şunlardır: - Akatsuki Örgütü: Naruto'nun dönüşünden sonra, dünyayı tehdit eden Akatsuki örgütünün planları ve bu örgütün içindeki canavar mühürlenmiş kişilerle olan mücadeleleri işlenir. - Naruto'nun Gelişimi: Naruto, içindeki dokuz kuyruklu şeytan tilkiyi (Kyuubi) daha iyi kontrol etmeyi öğrenir ve kendine özgü rasengan tekniğini geliştirir. - Yan Karakterlerin Teknikleri: İlk sezonda, diğer karakterlerin yeni dövüş teknikleri de tanıtılır. - Duygusal Sahneler: Sezon, birçok dramatik sahne içerir ve özellikle 31. bölüm, serinin en duygusal bölümlerinden biri olarak öne çıkar.