Naruto'nun en güçlü ailesi olarak kabul edilen iki ana klan vardır: Otsutsuki ve Senju. 1. Otsutsuki Ailesi: Chakra'nın kökeni olan bu aile, Dojutsu ve Kama mühürleri gibi güçlü jutsu yeteneklerine sahiptir. 2. Senju Ailesi: Asura Otsutsuki'nin torunları olan bu klan, muazzam çakra rezervleri ve ahşap tabanlı jutsu gibi fiziksel yetenekleriyle tanınır. Ayrıca, Uchiha Ailesi de Sharingan göz teknikleri ve diğer güçlü yetenekleriyle önemli bir yere sahiptir.