Naruto'nun en güçlü ailesi olarak kabul edilen iki ana klan vardır: Otsutsuki ve Senju .
- Otsutsuki Ailesi: Chakra'nın kökeni olan bu aile, Dojutsu ve Kama mühürleri gibi güçlü jutsu yeteneklerine sahiptir .
- Senju Ailesi: Asura Otsutsuki'nin torunları olan bu klan, muazzam çakra rezervleri ve ahşap tabanlı jutsu gibi fiziksel yetenekleriyle tanınır .
Ayrıca, Uchiha Ailesi de Sharingan göz teknikleri ve diğer güçlü yetenekleriyle önemli bir yere sahiptir .