Naruto'nun filler bölümlerini atlamak, dizinin ana hikayesini ve karakter gelişimini anlamak açısından bazı kayıplara yol açabilir. Filler bölümler genellikle arsalar arasında zaman doldurmak için eklenir ve kanon hikayeye etkisi olmayan yan hikayeleri içerir. Ancak, bazı filler bölümleri eğlenceli yan karakterler ve komik maceralar sunar ve kendi başlarına izlenebilir. Bu nedenle, izleyicinin tercihine bağlı olarak filler bölümleri atlanabilir.