Naruto Shippuuden bölümlerinin farklı olmasının nedeni, serinin hem ana hikayeyi içeren hem de filler olarak adlandırılan bölümleri içermesidir. - Ana hikaye bölümleri, Naruto ve arkadaşlarının maceralarını ve ana olay örgüsünü takip eder. - Filler bölümler ise ana hikayeyle bağlantısı olmayan, boşluk doldurucu bölümlerdir ve izleyicinin ana hikayeyi takip etmesi için gerekli değildir.