"Myriad Colors Phantom World", gelecekte geçen bir hikayeyi anlatır 13.

Olaylar, Kamigyo koğuşunda, dengesiz bir virüsün salınımı sonucu insanların beynini değiştiren ve "phantoms" adı verilen varlıkların ortaya çıkmasıyla başlar 1. Bu durum, bazı çocukların özel yetenekler geliştirmesine yol açar ve bu çocuklar, insanlığa tehdit oluşturan phantoms'ları yakalamak ve mühürlemek için kulüpler, okullar ve organizasyonlar kurarlar 13.

Hikaye, Hosea Akademisi'ndeki Haruhiko Ichijo ve arkadaşlarının bu phantoms'larla mücadelesini ve günlük yaşamlarını konu alır 13.