Manifest'in ilk sezonu, Montego Air isimli hava yolu şirketine ait 828 numaralı uçuşun hikayesini anlatır. Konu özeti: - Jamaika'dan New York'a gitmek üzere yola çıkan uçakta her şey normal görünürken, uçak New York'a iniş yaptığında tüm yolcular ve mürettebat için inanılması zor bir durum meydana gelir. - Tüm yolcular, geçen bu süre zarfında ölü olarak kabul edilmiş, yakınları ve sevdikleri hayatlarına devam etmiştir. - Bu beş buçuk yıllık kayıp, yolcuların hayatlarını alt üst ederken, onları esrarengiz bir şekilde birbirine bağlayan doğaüstü olaylar da gün yüzüne çıkar. Dizide, uçuş sırasında neler olduğuna dair sorular, yolcuların yaşadığı "çağrılar" ve gizemli bir örgütle ilgili olaylar birbirine bağlanarak anlatılır.