Manifest 3. sezon, yolcuların beş buçuk yıl boyunca kaybolduktan sonra yeniden ortaya çıkan Flight 828 uçağında yaşadıkları deneyimleri konu alıyor. Sezonda öne çıkan olaylar şunlardır: Ben Stone, oğlu Cal'in kaybolmasının ardından onu geri getirmek için bir göreve çıkar ve uçağın kuyruk kısmını okyanusa geri döndürür. Michaela Stone, bir çağrının gösterdiği kanla dolu uçak görüntüsü nedeniyle birinin öleceğini düşünür ve kocasıyla birlikte Adrian'ın duygularını okuyarak çağrının anlamını çözmeye çalışır. Olive Stone, babasına yardım etmek için onun ayak bileğine takılan cihazı takar ve bu nedenle evden ayrılmak zorunda kalır. Cal Stone, kuyruk kısmına dokunduğunda yanıklar almaya başlar ve ailesinin araştırmaları sonucunda testlerin durması gerektiği sonucuna varır. Sezon, Grace Stone'un ölümüyle sona erer.