Manifest dizisinin ilk sezonu, Montego Air 828 sefer sayılı uçağın Jamaika'dan New York'a seyahat ederken yaşadığı şiddetli türbülans sonrası beş buçuk yıl kaybolup aniden geri dönmesini konu alır. İlk sezonun hikayesi özetle şu şekildedir: Uçak, New York'a indiğinde, yolcular ve mürettebat için zaman durmuştur, ancak aileleri ve arkadaşları için beş buçuk yıl geçmiştir. Yolcular, hayatlarındaki değişikliklerle yüzleşmek zorunda kalır. Aynı zamanda, "çağrılar" olarak adlandırılan, henüz gerçekleşmemiş olayları temsil eden yol gösterici sesler ve görüler deneyimlemeye başlarlar. İlk sezon, Michaela Stone, Ben Stone ve ailelerinin dinamiklerine odaklanır. Şaibeli hükümet operasyonları da hikayenin bir parçasıdır.