"Lily C.A.T." filmi, uzay gemisi mürettebatının hayatta kalma mücadelesini konu alır. Filmde, 23. yüzyılda Syncam Corporation'ın çalışanları, yeni keşfedilen bir gezegeni araştırmak için derin uzay kruvazörü Saldes'e binerler. Ancak, gemi bilgisayarı uzayda uçan bir enkaz tespit ettiğinde ve mürettebat kriyojenik uykuda iken uzaylı madde gevşediğinde her şey değişir. Sonunda, mürettebattan geriye kalanlar, geminin kontrolünü ele geçiren ve "The Master" veya Lily-C.A.T. adlı bilgisayarlı hayvan şeklinde teknolojik bir robot olduğu ortaya çıkan bakteriyle yüzleşmek zorunda kalırlar.