Küçük Ağa romanının ana fikri, vatan ve millet sevgisi, bağımsızlık duygusu ve kurtuluş mücadelesinin küçük bir kasabadan görünüşü olarak özetlenebilir. Romanda, Birinci Dünya Savaşı sonrası Osmanlı Devleti'nin güçsüz duruma düşmesiyle gelişen bir kurtuluş mücadelesi anlatılır. Ayrıca, Kuvayı Milliye'nin, işgallere karşı veya işgallerden yana olan birçok örgütü ya kendi tarafına çekmesi ya da bertaraf etmesi gerektiği işlenir.