"Karakuri Circus", sirk sahibi Masaru Saiga'nın gizemli ölümünün ardından, 11 yaşındaki varisi Narumi Katou ve diğer karakterlerin maceralarını anlatır. Hikayenin bazı unsurları: Fantezi ve aksiyon: Hikaye, fantastik unsurlar, aksiyon ve macera türlerini içerir. Reenkarnasyon: Olaylar, 200 yıllık bir reenkarnasyon döngüsüne odaklanır. Zonapha sendromu: Bu hastalık, hastaların gülmezse nefes almakta zorlanmasına neden olur. Otomatlarla mücadele: Shirogane (Éléonore) ve Narumi, otomatlarla savaşarak hastalığı durdurmaya çalışır. Hikaye, sirk, simya ve karakuri kuklalarını bir araya getirir.