Hakuoki, Yukimura Chizuru adlı doktorun kızının babasını aramak için Edo'dan Kyoto'ya gitmesini konu alır. Yolculuk sırasında Chizuru, bir grup suçlunun saldırısına uğrar ve onların Shinsengumi üyeleriyle olan çatışmasına tanık olur. Bu şekilde başlayan birlikteliklerinde, Chizuru ve Shinsengumi üyeleri bir yandan babasının kaybolmasının arkasındaki sırrı çözmeye çalışırken, bir yandan da Bakumatsu samuraylarına karşı mücadele ederler.