Godzilla vs. King Ghidorah, Godzilla'nın kökenini ve neden böyle bir canavara dönüştüğünü anlatıyor. Godzilla'nın aslında günümüze kadar yaşamış bir dinozor olduğu ve Lagos Adası'nda yaşadığı ortaya çıkıyor. Filmde ayrıca, Japonya'nın gelecekteki ekonomik egemenliğini engellemek isteyen bir örgütün, Godzilla'yı bu amaçlarına alet etmeye çalışması da işleniyor.