Godzilla vs. King Ghidorah filmi, zaman yolcularının Godzilla'yı kullanarak Japonya'yı yok etme planını anlatıyor. Hikaye şu şekilde gelişiyor: - 2204 yılından gelen zaman yolcuları, Godzilla'nın mutasyonunu önlemek için Japonya'yı geçmişe gönderiyorlar. - Ancak, gerçek niyetlerini açığa çıkararak, King Ghidorah'ı Japonya'ya salıyorlar. - Godzilla ve King Ghidorah arasında eşit derecede güçlü bir savaş başlıyor ve her iki canavar da birbirlerinin saldırılarına karşı bağışık oluyor. - Sonunda, Godzilla, King Ghidorah'ın orta başını patlatarak savaşı kazanıyor. - Daha sonra, Godzilla, Japonya'ya yönelip Tokyo'yu yok ediyor ve Shindo'yu öldürüyor. Filmde, Godzilla'nın yok edilmesinin, Japonya'nın gelecekteki ekonomik üstünlüğünü önlemek için planlandığı ortaya çıkıyor.