Fullmetal Alchemist: The Final Alchemy, Elric kardeşlerin uzun ve maceralı serüveninin, tüm ülkeyi kasıp kavuran esrarengiz bir tehditle yüzleştikleri efsanevi bir finalle sona ermesini anlatır 34.

Filmde, Edward (Ryôsuke Yamada), Envy ve Ling, Gluttony'nin karnından bir çıkış yolu bulmaya çalışırken, Mustang, insan olmayan, ancak insanlığa karşı komplo kuran homunculi olan imparatorluk subaylarına karşı bir isyan başlatmaya çalışır 2. Edward, kardeşi Alphonse'u ölümden kurtarmak için bir arayışa devam eder ve bu, diğerlerinin savaştığı savaşlarla iç içe geçen bir yolculuğa onu sürükler 2.

Birer birer, Edward ve diğer alkimya savaşçıları, yedi ölümcül günahı temsil eden iblislerle yüzleşmeli, dünyadaki homunculileri yok etmeli ve krallığa barışı yeniden sağlamalıdır 2.

Ayrıca, Fullmetal Alchemist: The Final Alchemy filminin sonunda, Edward'ın bir alkimyacı olarak son anlarına tanık olunur ve insan olmanın anlamını nihayet anladığı görülür 5.

Filmin konusu, Fullmetal Alchemist anime serisinin bir uyarlamasıdır 3.