Neon Genesis Evangelion, genel olarak insanın varoluşu ve evrimi üzerine bir hikaye anlatır. Bazı temalar: Dini ve metafiziksel unsurlar: Kabbala, Ölü Deniz Yazmaları ve İncil'den referanslar içerir. Psikolojik analiz: Karakterlerin duygusal sorunları ve akıl hastalıkları üzerine yoğunlaşır. Varoluşun sorgulanması: Varlığın doğası ve gerçeklik sorgulanır. İnsanlığın geleceği: Human Instrumentality Project ile insanlığın tek bir varlık haline getirilmesi ve çatışmaların sona erdirilmesi hedeflenir. Yönetmen Hideaki Anno, serinin psikolojik yönünü, kendi klinik depresyonu sırasında yaşadıklarını temel alarak şekillendirmiştir.