Dexter'ın 3. sezonunda yaşanan bazı önemli olaylar şunlardır: 1. Freebo'nun Peşinde: Dexter, Freebo'nun kız arkadaşı Teegan'ın öldürülmesinden sonra onu bulmaya çalışır ve sonunda Freebo'yu öldürerek intikamını alır. 2. Miguel Prado ile Arkadaşlık: Dexter, Miguel Prado ile tanışır ve ikisi arasında tehlikeli bir ortaklık başlar. 3. Rita'nın Hamileliği: Rita hamile olduğunu öğrenir ve Dexter, baba olma fikriyle mücadele eder. 4. Harry'nin Kodunun Evrimi: Dexter, pedofili bir suçluyu öldürerek Harry'nin kodunun güncellenmesi gerektiğini düşünür. 5. İç İşler Soruşturması: Debra, yeni ortağı Quinn'in İç İşler tarafından soruşturulduğunu öğrenir ve bu durum ilişkilerini zorlar.