Dexter'ın ilk sezonu, annesinin öldürülmesi sonrası üç yaşında yetim kalan ve Miami polis memuru Harry Morgan tarafından evlat edinilen Dexter Morgan'ın hikayesini anlatıyor. Dexter, kan sıçrama analisti olarak çalıştığı Miami Metro Polis Departmanı'nda, sadece adaleti kaçıran katilleri öldürme amacıyla bir "kod" doğrultusunda hareket eder. İlk sezonda yaşananlar özetle şöyle: Ice Truck Killer: Dexter, buz kamyonuyla kurbanlarını taşıyan gizemli bir seri katilin peşine düşer. Debra Morgan: Dexter'ın üvey kız kardeşi Debra, dedektifliğe terfi eder ve Ice Truck Killer davasını araştırmaya başlar. Rita Bennett: Dexter, Rita adında bir kadınla ilişki yaşar, ancak Rita'nın eski kocasının uyuşturucu satıcısı olması işleri karmaşıklaştırır. Brian Moser: Dexter'ın biyolojik kardeşi Brian, Debra'ya aşık olur ve onu öldürmeye çalışır. Sezon, Dexter'ın, öldürdüğü kişilerin kanından örnekler topladığı ve bunları saklamak için kullandığı ahşap kutuyu ilk kez izleyiciye göstermesiyle sona erer.