Desperados 3, Desperados: Wanted Dead or Alive oyununun bir ön bölümü olup, 1875 yılında geçen bir hikayeyi anlatır. Oyunun konusu, John Cooper'ın, babasının katili olan ve aynı zamanda bir çete lideri olan Frank'i arayışını takip eder. Flagstone kasabasına ulaştıklarında, Cooper, Frank'in belediye başkanının malikanesinde olduğunu öğrenir. Cooper ve Kate, O'Hara çiftliğini DeVitt Şirketi'nin adamlarından korumak için birlikte hareket ederler ve sonunda başarılı olurlar. Daha sonra, bir Vudu uygulayıcısı olan Isabelle Moreau tarafından kurtarılırlar ve birlikte Frank'in adamlarından biri olan Mareşal Wayne'i aramaya koyulurlar. Cooper, tek başına Frank ile yüzleşmek ister ve sonunda onu yenerek intikamını alır.