Ultrasonik yıkama işlemi şu adımlarla gerçekleştirilir: 1. Tankın hazırlanması. 2. Aletlerin yerleştirilmesi. 3. Cihazın çalıştırılması. 4. Durulama ve kurutma. Dikkat edilmesi gereken bazı noktalar: Ultrasonik banyoda metal taban üzerine alet yerleştirilmemelidir. Çözeltinin etkinliği, agresifliğiyle birlikte artar, bu da aletlerin durumunu olumsuz etkileyebilir. Dezenfektan içinde korozyon önleyici katkı maddelerinin bulunması önerilir. Çözeltinin su bazında olması ve aktif bileşen olarak yüzey aktif maddelere sahip olması tercih edilir. Ultrasonik yıkama işlemi, krom kaplı malzemeler, optik aletler, lastik ve silikon gibi elastik malzemeler, motorlu sistemler, ışık kabloları, kamera sistemleri ve fleksible endoskoplar gibi bazı malzemelerde yapılamaz.