Warhammer 40,000: Rogue Trader, 40. milenyumda İnsan İmparatorluğu'nun galaksiye yayıldığı bir evrende geçer 1. Oyuncu, Rogue Trader olan Theodora Von Valancius’un potansiyel varisi olarak, devasa bir uzay gemisinde çeşitli müttefikler ve düşmanlarla karşılaşır 14.

Oyun, iktidar, ahlak ve varoluş temalarını işler 3. İmparatorluğun etki alanlarında bürokrasinin labirentlerinde kaybolmuş memurlar ve hanedanların taht kavgaları gibi unsurlar, modern dünyanın otoriterlik ve kurumsal tahakküm tartışmalarına dair bir ayna işlevi görür 3.

Seçimlerin önemli olduğu oyunda, her kararın sonuçları vardır 13. Örneğin, bir yerleşimcinin isyanını bastırmak binlerce masumun hayatını kurtarabilir, ancak bu oyuncuyu bir katil yapar 3. Bir Xenos ile ittifak kurmak filoyu güçlendirebilir, ancak bu ihanet kokusu imparatorluk burnuna kadar gelebilir 3.

Oyun, Warhammer 40,000 evrenine özgü grimdark dokusunu tematik bir omurgaya dönüştürür 3.