Warhammer 40,000: Rogue Trader, 40. milenyumda İnsan İmparatorluğu'nun galaksiye yayıldığı bir evrende geçer. Oyun, iktidar, ahlak ve varoluş temalarını işler. Seçimlerin önemli olduğu oyunda, her kararın sonuçları vardır. Oyun, Warhammer 40,000 evrenine özgü grimdark dokusunu tematik bir omurgaya dönüştürür.