Ajanslarda muhasebe işlemleri, yevmiye defteri, büyük defter ve yardımcı hesap defterleri kullanılarak tutulur. Yevmiye defteri, işlemlerin yevmiye tarihi ve müteselsil sıra numarasına göre kaydedildiği defterdir. Büyük defter, yevmiye defterinde kaydedilen işlemlerin hesaplara dağıtıldığı ve tasnifli olarak kaydedildiği defterdir. Yardımcı hesap defterleri, hesap planını oluşturan hesaplara ait bilgilerin ayrıntı bazında kaydedildiği defterlerdir. Muhasebe işlemleri sırasında dikkat edilen bazı hususlar: Muhasebeleştirme belgesi olmadan kayıt yapılmaz. Bir hesabın borcuna kaydedilen tutar, başka bir hesap ya da hesapların alacağına kaydedilir; yevmiye defterinde her zaman borç-alacak eşitliği sağlanır. Muhasebeleştirme belgelerinin yevmiye tarih ve numarası sütunlarına, işlemlerin kayda geçirildikleri tarih ve hesap döneminin başında başlayan ve sonuna kadar devam eden birer numara verilir. Kalkınma ajanslarında muhasebe işlemleri, 28.09.2006 tarihli 26303 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan "Kalkınma Ajansları Bütçe ve Muhasebe Yönetmeliği"ne göre yürütülür.