Göcek Tüneli, özel bir şirket tarafından işletilmektedir. Tünelin birinci tüpü, yap-işlet-devret modeliyle tamamlanmış ve 20 Ocak 2032'ye kadar Göcek Tüneli İnşaat ve Taahhüt Anonim Şirketi tarafından işletilecektir. İkinci tüp ise devlet tarafından yapılmış, ancak işletmesi de aynı şirkete verilmiştir.