Fiyat farkı faturasında KDV hesaplaması, faturaya konu olan mal veya hizmetin tabi olduğu KDV oranına göre yapılır. Örneğin, gıda gibi indirimli oran uygulanan mallar için KDV oranı %8 iken, genel oran %18'dir. Fiyat farkı ödenmesi gereken ürün istisnai olarak KDV’den muafsa, fiyat farkı faturasında da KDV hesaplanmaz. KDV hesaplaması, ürün veya hizmetin net tutarına KDV oranı eklenerek yapılır. Daha detaylı bilgi için bir mali müşavirden destek alınması önerilir.