Selçuklu Sultanı Sencer'in din siyaseti, Ehl-i Sünnet akidelerini koruma ve İslam birliğini sağlama üzerine kuruluydu. Sencer, farklı mezheplere ve dini akımlara karşı müsamahalı bir tutum sergilemiş, devlet içinde ahenk ve düzenin korunmasını sağlamıştır. Horasan bölgesinde medreseler kurarak dini ve bilimsel faaliyetlerin artmasına katkıda bulunmuş, bu sayede bölge, İslam dünyasının önemli bir ilim merkezi haline gelmiştir.