Sultan Sencer'in din siyaseti şu şekilde özetlenebilir: Hanefî mezhebi: Sultan Sencer, Hanefî mezhebine mensuptur. Batınîlerle mücadele: Bâtınî hareketlerini bastırmak için büyük çaba sarf etmiştir. Diğer mezheplere yaklaşım: Diğer mezheplere karşı baskıcı bir tavır sergilememiş, ancak İslam'ı tahrip etmeye çalışan gruplara karşı mücadele etmiştir. Dini hoşgörü: Gayrimüslimlere karşı hoşgörülü bir politika izlemiş, onlara din özgürlüğü tanımıştır. Dini eğitimin desteklenmesi: İlim, edebiyat ve sanatın gelişmesine destek olmuş, bilim insanlarına saygı göstermiştir. Sultan Sencer'in döneminde, Büyük Selçuklu Devleti'nin resmi dini politikası Sünnilik üzerine kuruluydu.