Son Akşam Yemeği tablosunun orijinali, kullanılan teknik ve çeşitli dış etkenler nedeniyle zarar gördü. Tablonun zarar görmesinin başlıca nedenleri şunlardır: 1. Teknik başarısızlık: Leonardo da Vinci, fresk tekniği yerine kendi geliştirdiği neme karşı dayanıklı bir astar ve taş üzerine tempera boyalar kullanmayı tercih etti. 2. Restorasyon hataları: Tablo, yıllar içinde birçok restorasyon geçirdi, ancak bu girişimler durumu daha da kötüleştirdi. 3. Savaş hasarı: İkinci Dünya Savaşı sırasında, müttefik bombalamaları nedeniyle oluşan titreşimler tabloya zarar verdi. 4. Doğal felaketler: Tablonun bulunduğu manastırın bulunduğu bölge sele eğilimli ve yüksek nemliydi, bu da tablonun daha fazla zarar görmesine neden oldu.