Son Akşam Yemeği'nde şarabın görülmemesinin nedeni, Leonardo da Vinci'nin bu eseri, Hristiyan Yeni Ahit'te anlatılan bir sahnenin görsel yorumu olarak yapmış olmasıdır. İncil'de, Son Akşam Yemeği'nde İsa ve havarilerin Kutsal Kase'den şarap içtikleri ve ekmek yedikleri belirtilir. Ayrıca, iki İtalyan arkeoloğun yaptığı araştırmaya göre, İsa'nın zamanında Filistin'de yemekler alçak masalarda servis edilir ve konuklar yemeği yere serilmiş minderlere ve kilimlere oturarak, arkalarını yaslayarak yerdi. Bu nedenle, şarap kasesinin tabloda yer almaması, dönemin yemek alışkanlıklarıyla da uyumlu olabilir.