Papa Joan'ın mezarının açılmasının nedeni, kadın papanın ölümünün ardından isminin papalar listesinden silinmesi ve aynı yere gömülmüş olan heykel ve mezar taşının da söktürülüp parçalatılmasıdır. Bu olay, 16. yüzyılın sonlarında Papa V. Pius döneminde gerçekleşmiştir.