Papa Joan'ın nasıl öldüğüne dair farklı rivayetler bulunmaktadır: Bazı kaynaklara göre, Papa Joan, 855 yılında Aziz Petrus Kilisesi'nin dışında kortej halinde yapılan bir dini tören esnasında doğum sancıları tutunca çocuğunu doğurmuş ve bu şekilde kadın olduğu ortaya çıkmıştır. Bir rivayete göre, kardinaller hem Joan’ı hem de yeni doğmuş bebeğini taşlayarak öldürmüştür. Başka bir söylentiye göre ise kalabalık onu ve bebeğini atların arkasına bağlayarak şehirde dolaştırıp öldürmüştür. Papa Joan'ın ölümü hakkında anlatılan hikayeler, çoğu akademisyen tarafından hayali kabul edilmektedir.