Japonya'nın meşhur pagodaları, ülkenin kültürel ve tarihi simgeleri olarak kabul edilir. Japonya'nın en ünlü pagodalarından bazıları şunlardır: 1. Toji Pagodası, Kyoto: 55 metre yüksekliğiyle Japonya'nın en yüksek ahşap kulesi olup, beş katlı ve UNESCO Dünya Mirası listesindedir. 2. Kofuku-ji Tapınağı Pagodası, Nara: Tōdai-ji Buddhist tapınak kompleksinin bir parçasıdır ve tarihi Heian dönemine kadar uzanır. 3. Chureito Pagodası, Yamanashi: Beş katlı kırmızı bir pagoda olup, özellikle bahar mevsiminde kiraz ağaçları ve Mount Fuji manzarasıyla ünlüdür. 4. Shitenno-ji Pagodası, Osaka: 39.2 metre yüksekliğindeki bu pagoda, Osaka'nın panoramik manzarasını sunan beş katlı bir yapıya sahiptir. 5. Itsukushima Shrine Pagodası, Hiroshima: Miyajima Adası'ndaki bu iki katlı pagoda, Seto İç Denizi ve yemyeşil dağların arka planında yer alır.