Mısır Çarşısı, tarihinde iki büyük yangın geçirmiştir. 1. 1691 yılının 2 Ocak gecesi çıkan yangın, çarşıyı 24 saat boyunca etkilemiş ve tek bir şey kurtarılamamıştır. 2. 1940-1943 yılları arasında yaşanan yangın, çarşının dükkan düzenini ve kullanım alanını etkilemiştir. Ayrıca, 2015-2018 yılları arasında çarşı restorasyon geçirmiştir.