Kırşehir'in eski adı olan Makissos (veya Mocissus), kentin ilk olarak bu isimle anılmasından gelmektedir. Jüstinianopolis adı ise, İmparator I. Justinianus döneminde (527-568) kentin yeniden inşa edilmesiyle ortaya çıkmıştır. Kırşehir ismi ise, Türklerin "kır şehri" olarak adlandırmasından türemiştir; bu ifade halk dilinde zamanla kısalmıştır. Ayrıca, Kırşehir'in bir dönem Aquae Saravenas (Akova - Saravena) adıyla da anıldığı bilinmektedir.