Japonların kökeni, Yayoi ve Jōmon halklarının birleşimine dayanmaktadır. - Yayoi, yaklaşık 2000-3000 yıl önce Doğu Asya'nın tarım topluluklarından Japonya'ya göç etmiştir. - Jōmon, ise Japonya adalarının yerlisi olup, günümüz Japon halkının genetik yapısının %13'ünü oluşturmaktadır.