Engizisyon Mahkemeleri'nde çeşitli gruplar ve kişiler yargılanmıştır: 1. Bilim insanları ve filozoflar: Giordano Bruno ve Galileo Galilei gibi bilim insanları, kilisenin kabul ettiği düşüncelere karşı geldikleri için Engizisyon'da yargılanmışlardır. 2. Farklı inançlara sahip olanlar: Hristiyanlık dışında inançlara sahip olanlar, Müslümanlar ve Yahudiler de Engizisyon'un hedef aldığı gruplar arasındaydı. 3. Büyücülükle suçlanan kadınlar: Engizisyon, büyücülük ve cadılıkla suçlanan kadınları da yargılamıştır. 4. Kilise otoritesine karşı çıkanlar: Kilisenin otoritesine ve öğretilerine karşı çıkan herkes, Engizisyon mahkemelerinde sapkın olarak nitelendirilerek yargılanmıştır.