Engizisyon, Hristiyanlık içindeki dini muhalefeti bastırmak ve dini ortodoksluğu sürdürmek amacıyla kurulmuştur. Kurulma nedenleri arasında şunlar yer almaktadır: Avrupa'daki Hristiyanlık için sapkın olarak kabul edilen büyük popüler hareketleri bastırmak; Müslüman ve Yahudilerin Hristiyanlaştırılmasını sağlamak; Osmanlı işgalinde oluşabilecek işbirlikçilere karşı koruma sağlamak.