Ağa Hanlar, Şiiliğin Nizârî-İsmailî mezhebinin liderleri olarak, soylarını Fâtımîler Halifeliği'ne ve Alamut merkezli Haşhaşîlere kadar uzanan bir geçmişe dayandırır. Fâtımîler Halifeliği: Ağa Han unvanı, 19. yüzyılın başlarında İran Kaçarlar Hanedanı tarafından, Nizârî İsmailî imamlarına verilen bir şeref unvanı olarak ortaya çıkmıştır. Alamut merkezli Haşhaşîler: Ağa Hanlar, tarihsel olarak Haşhaşîlik olarak da bilinen Nizarî-İsmailî devletinin liderleridir. Ayrıca, IV. Ağa Han Kerim el-Hüseyin Şah'ın soyu, Kaçarlar Hanedanı'ndan "Feth Ali Şah" nesline dayanır ve bu nedenle İngiltere tarafından soyundan gelenlere ve çocuklarına 1938 yılında Prens/Prenses unvanları verilmiştir.