Lizozomların bitki ve hayvan hücresindeki temel görevleri: Hücre içi sindirim: Proteinler, lipitler, karbonhidratlar ve nükleik asitler gibi büyük molekülleri parçalayarak hücrenin kullanabileceği basit bileşenlere dönüştürür. Hücre yenilenmesi ve geri dönüşüm (otofaji): Eski, hasarlı veya işlevini yitirmiş organelleri sindirerek geri dönüştürür. Hücre savunması: Bağışıklık hücreleri, zararlı bakteri ve virüsleri lizozomlar yardımıyla yok eder. Bitki hücrelerinde, lizozomlar yerine vakuoller benzer görevleri üstlenir.