• Buradasın

    Sanger yöntemi nedir?

    Yazeka

    Arama sonuçlarına göre oluşturuldu

    Sanger yöntemi, zincir sonlandırma yöntemi olarak da bilinir, DNA'nın nükleotid dizisini belirleme amacıyla kullanılan bir yöntemdir 12.
    Yöntemin adımları:
    1. PCR ile çoğaltma: DNA'nın ilgili bölgesi, zincir sonlandırma PCR'ı ile çoğaltılır ve bu süreçte modifiye nükleotidler (ddNTP'ler) eklenir 13. ddNTP'ler, 3'-OH grubundan yoksundur ve bu nedenle DNA polimerazın zinciri uzatmasını durdurur 3.
    2. Boyut ayrımı: Zincir sonlanmış oligonükleotidler, jel elektroforezi ile boyutlarına göre ayrılır 13.
    3. Dizi okuma: Jel üzerindeki bantların aşağıdan yukarıya doğru okunması ile orijinal DNA dizisinin 5' ila 3' yönündeki dizilimi belirlenir 13.
    Sanger yöntemi, nispeten uzun (en fazla 900 baz çifti içeren) DNA dizileri için yüksek kaliteli bir dizilim sağlar ve tekil DNA parçalarının diziliminde kullanılır 23.
    5 kaynaktan alınan bilgiyle göre:

      Yanıtı değerlendir

      5 kaynak

      1. sigmaaldrich.com
        1
      2. tr.khanacademy.org
        2
      3. tr.wikipedia.org
        3
      4. insilicodesign.com
        4
      5. 5

    Konuyla ilgili materyaller

    Sanger ve NGS arasındaki fark nedir?

    Sanger ve NGS (Next-Generation Sequencing) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Sıralama Hacmi: Sanger dizilimi tek bir DNA parçasını sırayla dizerken, NGS milyonlarca DNA parçasını aynı anda dizebilir. 2. Sıralama Uzunluğu: NGS yöntemleri genellikle 100-200 baz uzunluğunda fragmanları okurken, Sanger dizilimi 700-1000 baza kadar uzun dizileri okuyabilir. 3. Maliyet: NGS, büyük miktarda DNA dizilimi yapıldığında daha maliyet etkilidir. 4. Keşif Gücü: NGS, nadir veya düşük frekanslı genetik varyantları daha iyi tespit edebilir ve daha geniş genetik çeşitlilik analizi yapabilir. Kullanım Alanları: - Sanger dizilimi, sınırlı sayıda kısa genetik bölgenin analizi için hızlı, güvenilir ve ekonomik bir yöntemdir. - NGS, tüm genomlar veya ekzomlar gibi geniş genetik bölgelerin araştırılması için tercih edilir.
    5 kaynak

    Sanger yöntemi ile dizileme nasıl yapılır?

    Sanger yöntemi ile dizileme şu şekilde yapılır: 1. Örneklerin muhafazası ve DNA/RNA izolasyonu. 2. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR). 3. Agaroz jelde PCR ürünlerinin kontrolü. 4. PCR ürünlerinin saflaştırılması. 5. Sekans PCR’ı. 6. Sekans PCR ürününün saflaştırılması. 7. Dizileme işlemi. 8. Kalite kontrolü ve kromatogramların yorumlanması. Dizileme işlemi şu şekilde gerçekleşir: Dizilimi yapılacak DNA numunesi, bir primer, DNA polimeraz ve DNA nükleotidleri ile bir tüpte bir araya getirilir. Dört adet boya ile işaretli zincir sonlandıran dideoksi nükleotidler de tüpe eklenir ancak miktarları diğer nükleotidlere göre çok daha azdır. Karışım öncelikle, şablon DNA'yı denatüre etmek için ısıtılır, sonrasında ise, primerin tek iplikli şablona bağlanabilmesi için soğutulur. Primer bağlandığında, sıcaklık yeniden arttırılır ve DNA polimeraz, primerden başlayarak yeni DNA'nın sentezini gerçekleştirir. DNA polimeraz, normal bir nükleotid yerine bir dideoksi nükleotid ekleyene kadar zincire nükleotid eklemeye devam eder. Bu süreç birçok defa tekrarlanır. Tepkime tamamlandıktan sonra, fragmanlar, kapiler jel elektroforezi adı verilen bir işlem ile, uzun, ince ve jel bir matris içeren bir tüpten geçirilir. Her fragman, tüpün sonunda yer alan "bitiş çizgisini" geçtiğinde, bir lazer ile aydınlatılır ve böylelikle boyanın algılanması sağlanır. Sanger dizilimi, nispeten uzun (en fazla 900 baz çifti içeren) DNA dizileri için yüksek kaliteli bir dizilim imkanı sunar.
    5 kaynak