• Buradasın

    Sanger yöntemi ile dizileme nasıl yapılır?

    Yazeka

    Arama sonuçlarına göre oluşturuldu

    Sanger yöntemi ile dizileme şu şekilde yapılır:
    1. Örneklerin muhafazası ve DNA/RNA izolasyonu 2.
    2. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) 23.
    3. Agaroz jelde PCR ürünlerinin kontrolü 2.
    4. PCR ürünlerinin saflaştırılması 2.
    5. Sekans PCR’ı 2.
    6. Sekans PCR ürününün saflaştırılması 2.
    7. Dizileme işlemi 2.
    8. Kalite kontrolü ve kromatogramların yorumlanması 2.
    Dizileme işlemi şu şekilde gerçekleşir:
    • Dizilimi yapılacak DNA numunesi, bir primer, DNA polimeraz ve DNA nükleotidleri ile bir tüpte bir araya getirilir 13.
    • Dört adet boya ile işaretli zincir sonlandıran dideoksi nükleotidler de tüpe eklenir ancak miktarları diğer nükleotidlere göre çok daha azdır 13.
    • Karışım öncelikle, şablon DNA'yı denatüre etmek için ısıtılır, sonrasında ise, primerin tek iplikli şablona bağlanabilmesi için soğutulur 3.
    • Primer bağlandığında, sıcaklık yeniden arttırılır ve DNA polimeraz, primerden başlayarak yeni DNA'nın sentezini gerçekleştirir 3.
    • DNA polimeraz, normal bir nükleotid yerine bir dideoksi nükleotid ekleyene kadar zincire nükleotid eklemeye devam eder 3. Bu noktada, daha fazla nükleotid eklenemez ve iplik bir dideoksi nükleotid ile sonlanır 3.
    • Bu süreç birçok defa tekrarlanır 3.
    • Tepkime tamamlandıktan sonra, fragmanlar, kapiler jel elektroforezi adı verilen bir işlem ile, uzun, ince ve jel bir matris içeren bir tüpten geçirilir 3.
    • Her fragman, tüpün sonunda yer alan "bitiş çizgisini" geçtiğinde, bir lazer ile aydınlatılır ve böylelikle boyanın algılanması sağlanır 3.
    Sanger dizilimi, nispeten uzun (en fazla 900 baz çifti içeren) DNA dizileri için yüksek kaliteli bir dizilim imkanı sunar 3. Ancak, maliyetli olması ve bir genomun tamamı gibi çok daha büyük ölçekli projeler için verimsiz olması gibi dezavantajları da vardır 3.
    5 kaynaktan alınan bilgiyle göre:

      Yanıtı değerlendir

      5 kaynak

      1. drozdogan.com
        1
      2. sametsoyl.com
        2
      3. tiptamuhendislik.wordpress.com
        3
      4. insilicodesign.com
        4
      5. genkok.erciyes.edu.tr
        5

    Konuyla ilgili materyaller

    Yeni nesil dizileme yöntemleri nelerdir?

    Yeni nesil dizileme (NGS) yöntemleri şu şekilde sınıflandırılabilir: Kısa okuma yöntemleri. Örnekler: sentez yoluyla dizileme (Illumina, Qiagen GeneReader); ligasyonla dizileme (AB SOLiD sistemi, Complete Genomics, Polonator G.007, vb.); pirosekanslama (Roche 454 sistemi). Uzun okuma yöntemleri. Örnekler: tek molekül gerçek zamanlı dizileme (SMRT, PacBio, Roche); nanopore dizileme (Oxford Nanopore Teknolojileri). Bazı NGS yöntemleri şunlardır: Illumina sekanslama. Pyrosequencing. NGS yöntemleri; DNA, RNA dizileme ve varyant/mutasyon tespiti için kullanılır.
    5 kaynak

    Sanger dizilemede pik kalitesinde bozulma neden olur?

    Sanger dizilemede pik kalitesinin bozulmasının iki ana nedeni vardır: 1. Primer bağlanması: Primerin diziye ilk 15-40 bazda yanlış bağlanması, bu bölgelerin kalitesinin düşmesine yol açar. 2. Dizileme izlerinin bozulması: 700-900 bazdan sonra dizileme izlerinin kalitesi genellikle bozulur. Ayrıca, boya sonlandırıcıların DNA fragmanına dahil edilmesindeki farklılıklar da pik yükseklikleri ve şekillerinin eşit olmamasına neden olabilir.
    5 kaynak

    Sanger yöntemi nedir?

    Sanger yöntemi, zincir sonlandırma yöntemi olarak da bilinir, DNA'nın nükleotid dizisini belirleme amacıyla kullanılan bir yöntemdir. Yöntemin adımları: 1. PCR ile çoğaltma: DNA'nın ilgili bölgesi, zincir sonlandırma PCR'ı ile çoğaltılır ve bu süreçte modifiye nükleotidler (ddNTP'ler) eklenir. 2. Boyut ayrımı: Zincir sonlanmış oligonükleotidler, jel elektroforezi ile boyutlarına göre ayrılır. 3. Dizi okuma: Jel üzerindeki bantların aşağıdan yukarıya doğru okunması ile orijinal DNA dizisinin 5' ila 3' yönündeki dizilimi belirlenir. Sanger yöntemi, nispeten uzun (en fazla 900 baz çifti içeren) DNA dizileri için yüksek kaliteli bir dizilim sağlar ve tekil DNA parçalarının diziliminde kullanılır.
    5 kaynak

    Sanger dizileme kaç nükleotid?

    Sanger dizileme yöntemiyle tek bir reaksiyonda yalnızca nispeten kısa (300-1000 nükleotid uzunluğunda) DNA parçaları doğrudan dizilenebilir. Sanger dizilemede daha uzun okuma uzunlukları, diğer dizileme yöntemlerine göre, özellikle genomun tekrarlayan bölgelerinin dizilenmesi açısından önemli avantajlar sergiler. Sanger dizileme yöntemiyle yaklaşık 800 bp'lik okuma uzunlukları elde edilebilir (tipik olarak zenginleştirilmemiş DNA ile 500-600 bp).
    5 kaynak